Del municipio sólo se conoce que estas tierras fueron el paso de diferentes tribus que se dirigían al centro del país dejando como testimonio petroglifos que se localizan en diversas comunidades del municipio.
Sinaloa de Leyva es la cabecera municipal del municipio de Sinaloa. Sinaloa de Leyva se fundó el 30 de abril de 1583 con el nombre de Villa de San Phelipe y Santiago de Sinaloa, por don Pedro de Montoya, en 1585 se dió la segunda fundación de la villa, por Antonio Ruiz, Juan Martínez del Castillo, Bartolomé de Montoya, Tomás de Soberanes y Juan Caballero.
En 1591 arribaron los misioneros jesuitas, Gonzalo de Tapia y Martín Pérez.
En 1635 los jesuitas construyeron la primera iglesia en la villa. Se construyó anexo el colegio jesuita, que fue un centro religioso y cultural en todo el noroeste.